Nun bauen wir unsere Gelelektrophorese auf. Dazu befüllen wir unsere Gelkammer mit unserer hergestellten Agarose-Lösung, doch dabei ist Eile geboten, da sich diese schnell verfestigt. Deshalb setzen wir unseren Kamm, der Geltaschen hinterlässt, zügig in die Gelkammer und warten dann einige Minuten bis das Agarose-Gel fest wird.
Anschließend füllen wir die Gelelektrophoresekammer mit dem Puffer bis zur Markierung auf und entnehmen den Kamm wieder. Mit einer Pipette geben wir die DNA-Probe in die entstandenen Geltaschen. Jetzt können wir den Strom durch das Gel fließen lassen. Zur Auswertung färben wir das Gel an und betrachten es unter dem UV-Licht, da dort die DNA-Fragmente sichtbar werden.